האגפים
מעבר לעבודת הדיגיטציה, השימור והקטלוג, המכון מפעיל יחידות ואגפים ייעודיים הפועלים סביב תחומי תוכן ספציפיים. אגפים אלה מעניקים עומק תוכני ומחקרי לכל פרויקט שהמכון מבצע, ומאפשרים לחומרים לעבור מטיפול טכני לטיפול אקדמי מלא.
מרכז הדיגיטציה מצלם מגוון רחב של חומרים היסטוריים, תרבותיים ורוחניים מכל הקהילות: מסמכים ותעודות, מכתבים ואגרות, פנקסי קהילות, תקנות הקהל, ספרות, שירה ופיוט, ליטורגיה, שאלות ותשובות, חיבורים פילוסופיים והלכתיים וכתבי קבלה. עד כה צולמו למעלה משני מיליון דפים, על פי סטנדרטים בינלאומיים של שימור דיגיטלי. המרכז מצלם גם אוספים פרטיים רבים כדי לגאול אותם מתהום הנשייה, ומתכנן להעלות את כל החומרים לאתר אינטרנט ייעודי לטובת הציבור.
בעבר הלא רחוק לא היו פתרונות מקצועיים לבלימת ההידרדרות הפיזית של תעודות וכתבי יד עתיקים. המכון גייס את טובי המומחים בתחום, מתוך מטרה כפולה: לשמר ולשקם את אוספי המכון, ולהכשיר אנשים ונשים לעסוק בתחום מרתק זה. במסגרת המעבדה יינתן גם שירות שיקום ושימור לחומרים פרטיים.
בית ההוצאה לאור של המכון מפרסם מהדורות מדעיות של ספרי מקור, מלוות במבואות, מחקרים והערות אקדמיות. מעל 700 ספרים יצאו לאור עד היום, רובם מהדורות ראשונות של כתבי יד שלא ראו אור קודם לכן. הספרים מפוענחים ומוגהים בידי טובי המומחים בחקר כתבי היד והדפוסים העתיקים. המכון מחבר בין החוקר האקדמי לתלמיד החכם, מתוך הכרה ששניהם משלימים זה את זה במחקר המורשת.
השירה והמוזיקה היהודית זוכות לעדנה רבה בשנים האחרונות. במסגרת מרכז הדיגיטציה צילמנו ותיעדנו מאות כתבי יד של שירה ופיוט מקהילות ישראל השונות, האוצרים בתוכם אלפים רבים של שירים ופיוטים. בכוונת המכון לבצע מחקר מקיף על השירה והפיוט במסורותיהן המוזיקליות, ולהפיק אלבומים מוזיקליים מיוחדים - לפי קהילות ולפי נושאים - שכל אחד מהם יכלול מחקר על המורשת המוזיקלית בלוויית תצלומים מרהיבים מתוך כתבי היד.
אגודות וחברות היוו אבן יסוד בכל קהילה וקהילה בישראל. בעבודתנו התיעודית והמחקרית מצאנו ורשמנו אלפים רבים מהן: מהן שנוסדו לשיפור פני החברה ולהעלאת רמת הלימוד, אחרות לתיקון המידות והמוסר, ורובן הגדול התאגדו להרבות צדקה וחסד. המכון נטל על עצמו למפות, לאתר ולחקור את האגודות, את סדרי פעולתן ואת השפעתן.
׳מנהג ישראל - תורה הוא׳. כבר מימי ראשונים דאגו חכמי ישראל לכתוב את מנהגי קהילותיהם, לתעדם ולהפיצם, לבל ישתכחו. רבים מן המנהגים היפים הלכו ונשתכחו או נתעוותו. למנהגים אלו ערך תרבותי ופולקלורי רב. המכון זכה לגלות ולפרסם חיבורים רבים אשר שימרו מסורות קהילתיות, הנהגות ותקנות, וחומר רב עתיד להתפרסם.